Проект «Геном шимпанзе» представляет собой проект по определению последовательности ДНК генома шимпанзе. Ожидается, что, сравнивая геномы людей и обезьян, ученые смогут лучше понять то, что отличает людей от других человекоподобных и других разновидностей животных. Хромосомы человека и шимпанзе очень подобны, и главная разница заключается в том, что люди имеют на одну пару хромосом меньше, чем у человекообразных обезьян. У людей 23 пары хромосом, в то время как у обезьян – 24 пары хромосом. В человеческом эволюционном происхождении две наследственных хромосомы обезьян соединились в теломеры, производя человеческую хромосому. Существует девять других хромосомных отличий между шимпанзе и людьми: инверсии сегмента хромосомы в человеческих хромосомах 1, 4, 5, 9, 12, 15, 16, 17, 18.
В связи именно с различиями и схожими моментами в геномах обезьян и людей, сразу же после окончания проекта по изучению генома человека был запущен проект по изучению генома шимпанзе. И к декабрю 2003 года был уже проведен предварительный анализ около 8000 генов, разделенных между геномами человека и шимпанзе. Этот предварительный анализ сразу же подтвердил некоторые наследственные различия, и предоставил информацию для последующих сравнительных анализов.
Анализ генома шимпанзе был издан осенью 2005 года. К этому времени была создана обширная база данных, содержащая генетические различия между  генами человека и шимпанзе, приблизительно с тридцатью пятью миллионами изменений одного нуклеотида, пятью миллионами вставок и удалений и различных хромосомных перестановок. Дупликации гена составляют основную часть различий в последовательности генов между шимпанзе и человеком.